С тех пор, как легендарный корабль вернулся с Искандера, минуло три года. Земля постепенно оправилась от былых ран: благодаря Космореверс планета вновь стала пригодной для жизни, а с некогда вражеской империей Гамилус был заключён мирный договор. Однако спокойствие оказалось лишь видимостью. Вместо того чтобы наслаждаться тишиной, человечество, пренебрегая предостережениями старого адмирала Старши, встало на путь милитаризации. Новый флот Земли, символом которого стал новейший броненосец «Андромеда», должен был обеспечить безопасность, но цена такой защиты оказалась слишком высока — «Ямато», некогда спаситель, теперь стал орудием достижения «мира», оставляя за собой лишь боль и потери.

Но в глубинах космоса существует иная сила, которая не приемлет войны. Богиня Тереза, чьи молитвы веками охраняли галактику, обратила свой взор на Землю. Она ощущает приближение древней и разрушительной угрозы, имя которой — Гатлантис. Эта новая опасность способна поглотить всю вселенную, и ни один земной флот не готов противостоять ей. Именно поэтому Тереза взывает к «Ямато», пробуждая его экипаж для нового, куда более опасного плавания. Старым героям предстоит вновь сесть за штурвалы, ведь на карту поставлено существование всей известной реальности, и их долг — встретить врага задолго до того, как его тень ляжет на родную планету.