Прошло немало времени с событий предыдущей истории. Девятый отдел не распущен и продолжает нести свою нелёгкую службу в мире, где грань между человеком и машиной давно стёрта. Бато, прошедший глубокую кибернетизацию, и его напарник Тогуса получают новое дело. Их цель — серия жутких убийств, где орудиями выступают гиноиды — прототипы кукол-андроидов. Совершив преступление, механизмы неизменно уничтожают себя, оставляя лишь обломки.

Ситуация осложняется тем, что перед самоликвидацией один из гиноидов обращается к Бато с просьбой о помощи. Это задевает его за живое, ведь когда-то рядом с ним была женщина, способная понять такое. Речь, конечно, о "Майоре" Мотоко Кусанаги, чьё исчезновение оставило в душе Бато незаживающую рану. Теперь расследование становится для него не просто работой, а попыткой разобраться в собственных воспоминаниях и призраках прошлого.

Следствие ведёт их по тёмным закоулкам технологичного мегаполиса, где человеческая жизнь стоит меньше, чем сложный механизм. Бато и Тогуса сталкиваются с корпоративной тайной, погружаясь в мир, где философия искусственного интеллекта сталкивается с животной жестокостью. Каждый ответ порождает новые вопросы, а страх перед тем, что скрывают создатели гиноидов, растёт с каждой минутой. Им предстоит решить, кто на самом деле является жертвой, а кто — бездушным орудием чужих амбиций.