Слухи о загадочных созданиях, которых прозвали «Голограммными призраками», уже давно будоражат интернет-пространство. Поговаривают, что эти паранормальные сущности унесли жизни множества людей, а те немногие счастливчики, что уцелели после столкновения с ними, описывают их как мерцающие, словно сбивающиеся изображения. Для Хиро Аманокавы, обычного ученика средней школы при академии Хадзакура, все эти разговоры — не более чем пустая городская легенда, однако с каждым новым случаем ему всё настойчивее вспоминается день, когда его собственный отец загадочным образом исчез, оставив лишь странные цифровые часы. То событие, как и все прочие истории, явно не поддавалось логическому объяснению.

Однажды Голограммный призрак нападает прямо на ученика академии, и Хиро вместе с приятелем Киёсиро Хигасимитараем решают сами разобраться в происходящем. Они даже не догадываются, что это, на первый взгляд, простое расследование станет для них дверью в мир, о существовании которого человечество и не подозревало. Грань между реальностью и цифровой иллюзией стирается, а опасность, скрытая за мерцающими образами, оказывается гораздо ближе и страшнее, чем можно было представить.